Το πρόγραμμα Εδρών UNITWIN / UNESCO καθιερώθηκε το 1992, κατόπιν απόφασης της 26ης Γενικής Διάσκεψης της UNESCO και αφορά στην ίδρυση πανεπιστημιακών Εδρών με θεματικές που άπτονται των τομέων αρμοδιότητας του Διεθνούς Οργανισμού. Στόχος των Εδρών UNESCO είναι η προώθηση της έρευνας και της διαπανεπιστημιακής συνεργασίας. Σήμερα το Πρόγραμμα περιλαμβάνει Έδρες UNESCO σε πάνω από 850 ιδρύματα σε 117 χώρες. Η Ελληνική Εθνική Επιτροπή για την UNESCO, μέχρι σήμερα, έχει ιδρύσει 14 Έδρες UNITWIN/ UNESCO σε 10 ακαδημαϊκά ιδρύματα:
- Έδρα UNESCO για την «Εκπαίδευση στα Ανθρώπινα Δικαιώματα, τη Δημοκρατία και την Ειρήνη», Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, με επικεφαλής, την Καθηγήτρια, κυρία Αγγελική Πιτσελά (έτος ίδρυσης 1997)
- Έδρα UNESCO/Διεθνές Δίκτυο Κέντρων Υδάτων-Περιβάλλοντος για τα Βαλκάνια για τη «Βιώσιμη Διαχείριση Υδατικών Πόρων και Επίλυση Διενέξεων», Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, με επικεφαλής, τον Καθηγητή κύριο Ιάκωβο Γκανούλη (έτος ίδρυσης 2003)
- Έδρα UNESCO για τη «Διαπολιτισμική Πολιτική για μια Δραστήρια και Αλληλέγγυα Ιθαγένεια», Πανεπιστήμιο Μακεδονίας, με επικεφαλής, την Καθηγήτρια κα Δέσποινα Αναγνωστοπούλου (έτος ίδρυσης 2004)
- Έδρα UNESCO για τις «Τεχνολογίες της Πληροφορίας και Επικοινωνίας στην Εκπαίδευση για τη Βιώσιμη Ανάπτυξη», Πανεπιστήμιο Κρήτης, με επικεφαλής, τον Καθηγητή κύριο Βασίλειο Μακράκη (έτος ίδρυσης 2008)
- Έδρα UNESCO «Εφηβικής Ιατρικής», Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, με επικεφαλής τον Καθηγητή και Διευθυντή της Πρώτης Παιδιατρικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, κύριο Γεώργιο Χρούσο (έτος ίδρυσης 2010)
- Έδρα UNESCO για τα «Ανθρώπινα Δικαιώματα, τη Δημοκρατία και την Ειρήνη», Πάντειο Πανεπιστήμιο Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών, με επικεφαλής, την επίκουρη καθηγήτρια Διεθνούς Δικαίου, Μαρία – Ντανιέλλα Μαρούδα (έτος ίδρυσης 2010)
- Έδρα UNESCO για τη «Διαχείριση Βιώσιμης Ανάπτυξης και την Εκπαίδευση στη Μεσόγειο», Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, με επικεφαλής, τον Καθηγητή, κύριο Μιχαήλ Σκούλλο (έτος ίδρυσης 2012).
- Έδρα UNESCO για την “Προστασία και τον Οικοτουρισμό των Παρόχθιων και Δελταϊκών Οικοσυστημάτων (Con-Ε-Ect)”, TEI Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, με επικεφαλής τον κύριο Δημήτριο Εμμανουλούδη (έτος ίδρυσης 2016).
- Έδρα UNESCO για τη «Γεωφυσική και τη μείωση γεωλογικών κινδύνων», Σχολή Εφαρμοσμένων Επιστημών, ΤΕΙ Κρήτης, με επικεφαλής τον Καθηγητή κύριο Φίλιππο Βαλλιανάτο (έτος ίδρυσης 2017).
- Έδρα UNESCO «για τις Γυναίκες, την Ειρήνη και την Ασφάλεια: Οικοδόμηση δυνατοτήτων και ανθεκτικότητας διαμέσου της Εκπαίδευσης και της Έρευνας» Τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Σπουδών, Πανεπιστήμιο Μακεδονίας, με επικεφαλής την Επίκουρη Καθηγήτρια Διεθνών Σχέσεων, κυρία Φωτεινή Μπέλλου (έτος ίδρυσης 2017).
- Έδρα UNESCO για την «Προοπτική Διερεύνηση», Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας, με επικεφαλής τον Επαμεινώνδα Χριστοφιλόπουλο (έτος ίδρυσης 2018)
- Έδρα UNESCO για την «Κλιματική Διπλωματία», στο Εθνικό Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, με επικεφαλής την Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Εμμανουέλα Δούση, Διευθύντρια του Ινστιτούτου Ευρωπαϊκής Ολοκλήρωσης και Πολιτικής (έτος ίδρυσης 2018).
- Έδρα UNESCO για τα «Παγκόσμια Γεωπάρκα UNESCO και τη Βιώσιμη Ανάπτυξη Νησιωτικών και Παράκτιων Περιοχών», στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου, με επικεφαλής τον Καθηγητή του Τμήματος Γεωγραφίας κ. Νικόλαο Ζούρο (έτος ίδρυσης 2019).
- Έδρα UNESCO για τις «Απειλές και την Ασφάλεια της Πολιτιστικής Κληρονομιάς», στο Ιόνιο Πανεπιστήμιο, με επικεφαλής τον Καθηγητή του Τμήματος Ξένων Γλωσσών, Μετάφρασης και Διερμηνείας, κ. Σταύρο Κάτσιο (έτος ίδρυσης 2021).